戴福生（林家栋 饰）、刘二索（陈浩民 饰）和慧婷（张燊悦 饰）相识于孤儿院中，无依无靠的三人将彼此当做是自己的家人，彼此之间的感情非常亲密。戴福生年长，又乐善好施，因此在三人之间一直扮演着哥哥的角色，而游手好闲不务正业的刘二索则完全仰仗戴福生的庇护过活。实际上，慧婷一直默默的爱慕着戴福生，但是慧婷知道，戴福生只是拿自己当做妹妹，对自己的感情只是亲情，而他真正喜欢的，是名为尹雪宜（叶璇 饰）的女子。慧婷决定将这份感情默默的埋藏在心底，转而帮助戴福生出谋划策追求尹雪宜，以成全自己最爱的男人的幸福。
湘西农家子弟狄云，自幼随师父铁锁横江戚长发和师妹戚芳习武务农。一天戚长发多年未见的师兄万震山派弟子来请戚长发去作客。三人到了万家。先是逢大盗吕通前来寻仇，狄云拼着受伤打退了吕通，却反而见疑于万家。先是万震山的八个弟子深夜寻衅，打了他一通。第二天他气不过他们的奚落嘲笑，用从一个老乞丐处学来的几招剑法回敬了其中几人。万震山疑心戚长发已学得师门不传之秘连城剑法又教给狄云，遂将戚长发诱入房中击杀，却又伪造现场反诬戚长发击伤了他而逃走，而已意犹未尽，复又设下圈套将见义勇为前往捉贼的狄云裁赃诬为强奸偷盗犯，打入死牢。万震山的儿子万圭假作好人，让戚芳以为他出钱出力想让狄云尽早出狱，其实却是买通官府将狄云轻罪重办。戚芳信以为真，又认定狄云确有其罪，虽然感情仍在，但对狄云也感到伤心和失望，终于嫁给了万圭。
香港SARS疫潮过后，人们终于从阴霾中走出来。脑外科医生程至美（吴启华饰）突然得知前女友的死讯，情绪崩溃，极度自责抑郁。法医岑雅晴（黎姿饰）伴其左右，鼓励他重新建立信心。急症室医生黎国柱（林保怡饰）结束了与女友的恋情，却卷入与骨科医生叶淘（吴美珩饰）及见习医生曾淑淇（廖碧儿饰）的三角恋中。不幸感染SARS的心脏科医生林敏智（陈豪饰）留下后遗症，为保全名声而隐瞒病情，却令病情日益恶化。妇产科医生万安生（邵美琪饰）与急症科医生向众仁（曹永廉饰）正计划共同生活，然而却因护士戴玉莹（姚嘉妮饰）的介入而面临一场情感考验。由香港无线电视制作的现代时装医务纪实电视剧《妙手仁心3》是《妙手仁心》系列的第三辑，监制戚其义与编剧周旭明的黄金组合更是精心打造此辑“妙手系列”。此辑剧集在风格上延续了前两辑经典之处，一如既往的得到医务人员协助实景拍摄，继续讲述医护人员在工作中的点滴故事。
汤逊投资有限公司董事长汤柏荣的女儿汤倩文从外国回港，发觉家中发生巨变，母亲神秘死亡，哥哥被判入狱，而家族生意的控制权则落入了一个与其父有着不寻常关系的女人周咏诗手上。倩文回港不久，险些遭人绑架，但由于犯罪集团的失误而逃过一劫，期间更与被卷入绑架案的小偷王志祥及的士司机叶启泰攀上关系。犯罪集团随即从外地聘请神偷冯永来港，与叶启泰及王志祥合作，计划盗走由汤逊投资有限公司承保，价值连城的古董。岂料倩文机警地设下圈套令冯永等三人自投罗网，卷入汤家的家产争夺战中。
费仁（周嘉洛饰）与义妹高强（王灏儿饰）为工钱当上鲁仁县衙门捕快，新任捕长黄佘（曹永廉饰）派遣费仁深入三不管地带壹将宫城，寻觅失联细作。般隆门话事人般斗（韦家雄饰）手下慕容恭梓（朱敏瀚饰）误打误撞，将费仁带入壹将宫城。城內表面一片繁华，四大门派却暗里争斗。已故门主曾承诺谁能拔出宝剑，徐意门大家姐符玲（陈滢饰）就嫁谁；费仁与恭梓糊里糊涂一同把宝剑拔出，成为两大候选姑爷！四派互相搞局，幕后主脑阴谋不绝，细作身分谜团重重，费仁要做候选姑爷，衙门细作亦要继续寻找，祸福难料……
