戴福生（林家栋 饰）、刘二索（陈浩民 饰）和慧婷（张燊悦 饰）相识于孤儿院中，无依无靠的三人将彼此当做是自己的家人，彼此之间的感情非常亲密。戴福生年长，又乐善好施，因此在三人之间一直扮演着哥哥的角色，而游手好闲不务正业的刘二索则完全仰仗戴福生的庇护过活。实际上，慧婷一直默默的爱慕着戴福生，但是慧婷知道，戴福生只是拿自己当做妹妹，对自己的感情只是亲情，而他真正喜欢的，是名为尹雪宜（叶璇 饰）的女子。慧婷决定将这份感情默默的埋藏在心底，转而帮助戴福生出谋划策追求尹雪宜，以成全自己最爱的男人的幸福。
庄天（元华 饰）和董兆匡（张国强 饰）曾经是行业内最最有名的一堆捉妖天师，然而清末民初的一场社会大变革让捉妖师变成了宣扬封建迷信的神棍，无奈之下，两人只得前往广州，在那里寻得了一份警察的差事。虽然不再是捉妖师了，但董兆匡却依然忘记不了昔日的辉煌，他结识了商人阿堂（任世官 饰），阿堂表面上是经营正当生意的商人，实际上却干着贩毒的勾当，董兆匡听信了他的花言巧语，开始利用僵尸来帮助他运毒。董兆匡的徒弟晓东（陈晓东 饰）爱上了阿堂的女儿翠玲（谭小环 饰），然而董兆匡早已经开始打起了翠玲的主意。
添为裙褂店老板，对婚姻及裙褂店都有一分执著，即使妻子辞世多年，亦无再婚念头，直至遇上美。美是释囚，添因同情其遭遇，遂让美在其裙褂店里工作，更与美发展出一段黄婚恋。正因添对裙褂的一针一线都有感情，故不愿与师弟乐经营的婚纱店合作，抗拒将裙褂机械化、工业化，直至乐妻飞积极游说，才应允合作。添有一子一女，大女恩安于平淡的婚姻生活，察觉不到婚姻背后的暗涌，恩丈夫伟已厌倦工作和婚姻，遇上志趣相投的摄影助手岚，遂热烈追求岚，后更与恩弄致离婚收场。次子贤与仪相恋多年，合资买楼结婚，却遇上金融风暴，两口子经常为经济问题而争执，后仪更爱上勇，贤又与仪母发展暮水忘年恋，带出一段错综复杂的四角关系。伟兄乐经常周旋在前妻珊、妻子飞及情人慧之间，尽享齐人之福，直至生意失败，才发现一直支持自己的只有珊。恩之好友芝供男友坚到外国读书，可惜坚却见异思迁，追求大律师之女舒，芝经此一役，对爱情失去信心，后虽遇上三，但对三仍有戒心，幸三体谅芝，二人终于步入教堂。
神探郭Sir退隐执教A 班，训练风波不断，当年案件扑朔迷离、一再反转。
秦朝末年，苛捐杂税重如山，民不聊生。富家千金吕雉（张可颐 饰）虽为女儿身，却胸怀大志，女扮男装外出寻找有志之士。她发现了时任泗水亭长刘邦（郑少秋 饰）宅心仁厚，对他渐渐生出好感。项羽（江华 饰）密谋起义，为了招揽黥面贼英布，单枪匹马闯入秦军军中将英布的仇人将领赵常斩杀，终于将英布收到帐下。刘邦发现了项羽的秘密。项羽本来想杀他灭口，但刘邦却对他表现得十分敬畏，哭诉了暴秦令人民生活凄苦，因此愿为他效力推翻暴君。于是项羽被感动了，决定招揽他，两人更以兄弟相称。随后，吕雉主动嫁给了刘邦，她知道自己将会辅助刘邦成就大业。秦始皇病逝，赵高扶立秦二世，秦二世荒淫无度，更引得天下大乱，群雄并起。项羽时势造英雄，终于揭竿起义了！
这次故事的舞台发生在海关入境处。作为入境处总入境助理的方浚杰（郭晋安 饰）一直以来都安于现状，因为曾经和上司麦启铭（姜大伟 饰）发生过冲突，对升值也不再抱有希望。和在深圳相识的内地女子张思敏（姚嘉妮 饰）结婚，终于等来了申请成功，本以为就此可以一家团聚的浚杰，却因为大嫂对妻子的排挤，矛盾颇多。为家务事烦恼的浚杰接到了更大噩耗是，妻子居然多年前曾在香港犯案，这让正义感颇强的浚杰无法接受。在妻子离开的过程中，浚杰的同期好友叶安琪（蒙嘉慧 饰）对他照顾有加，在这当中，浚杰同安琪的感情在滋长。而后，浚杰又认识了港口管制组入境主任欧顺风（邓健泓 饰），从误会到冰释前嫌，二人迅速结为好友。而浚杰也也迎来了其事业的转机…
资深花钮导师郭罗美兰（鲍起静 饰）面临着家庭成员各自的问题，包括长子（马德钟 饰）生意失败离婚、二女（车婉婉 饰）关系疏离、幼子失业（杨明 饰）等情况。在即将迎来自己的70岁生日之际，她意识到家庭中存在的问题，希望能够帮助儿女们解决困境，同时计划与爱徒合作传承手艺。
一宗枪杀案，便衣沙展高力基(罗仲谦饰)遇上「木独」又「棘手」的目击証人李浩帆(韦家雄饰)。力基被指派贴身保护浩帆，两人由陌生与抗拒，渐渐接受对方。此时，由浩帆做大股东的成衣公司被发现卷入犯罪交易，公司高层叶长乐(刘江饰)、叶明钧(徐荣饰)父子牵涉其中。力基联同浩帆，以及其任职大律师的妹妹李颂盈(张曦雯饰)合力追查，期间力基、颂盈产生纠缠不清的感情，力基的姊姊高咏音(张文慈饰)亦与浩帆成为斗气冤家。命运将四人拉在一起，而一宗廿多年前的悬案，也因此再次掀开序幕……
香港SARS疫潮过后，人们终于从阴霾中走出来。脑外科医生程至美（吴启华饰）突然得知前女友的死讯，情绪崩溃，极度自责抑郁。法医岑雅晴（黎姿饰）伴其左右，鼓励他重新建立信心。急症室医生黎国柱（林保怡饰）结束了与女友的恋情，却卷入与骨科医生叶淘（吴美珩饰）及见习医生曾淑淇（廖碧儿饰）的三角恋中。不幸感染SARS的心脏科医生林敏智（陈豪饰）留下后遗症，为保全名声而隐瞒病情，却令病情日益恶化。妇产科医生万安生（邵美琪饰）与急症科医生向众仁（曹永廉饰）正计划共同生活，然而却因护士戴玉莹（姚嘉妮饰）的介入而面临一场情感考验。由香港无线电视制作的现代时装医务纪实电视剧《妙手仁心3》是《妙手仁心》系列的第三辑，监制戚其义与编剧周旭明的黄金组合更是精心打造此辑“妙手系列”。此辑剧集在风格上延续了前两辑经典之处，一如既往的得到医务人员协助实景拍摄，继续讲述医护人员在工作中的点滴故事。
1993年，特技演员烈风（方中信 饰）与女友贺千惠（萱萱 饰）、好友凌克洋（林保怡 饰）前往西安旅游，却意外地在古墓中见到了幼年时的救命恩人步荆红（王菲 饰），他震惊于步荆红20年如一日的容貌并展开了调查。原来步荆红是秦朝时获得长生不老药的舞姬胭脂，孤独千年，只为寻找变 回正常人的秘方，而她不知的是，同样获得了不死之身的秦将军嬴战（单立文 饰）一直都在追寻她的下落。烈风在寻找真相的同时渐渐爱上了步荆红，而荆红却一再压抑，拒绝感情。命运交织，改名为盛世秦的嬴战终于找到了荆红，而他依然不改残暴本性，祸害人间，想尽办法拆散烈风与荆红，并且还想彻底破坏荆红成为普通人的愿望。
远离中原的蛇岛上，独龙尊者带着徒弟金世遗（林峰 饰）生活，将毕生绝学传授给他。一天毒龙尊者突然走火入魔而死，临死前吩咐金世遗带着亲笔书函回到中原交给邙山派掌门吕四娘。向来在孤岛长大不懂中原礼节的金世遗衣衫褴褛地踏上中原土地，被误认为是丐帮弟子卷入帮派纷争，出手不凡的他引起了邙山派女弟子谷之华（李彩桦 饰）的注意。而血滴子杀手厉胜男（叶璇 饰）也盯上了金世遗，更对他进行颠倒黑白的教育让他对付正派人士。在前去邙山的途中，金世遗与谷之华渐生情愫，然而厉胜男也对金世遗产生了微妙的女儿之情，这不能出口的爱意与自己特殊的身份令她喜怒无常，金世遗捉摸不透。随着门派纷争进一步扩大，金世遗与厉胜男、谷之华这两位绝代女子也经历了感情涤荡。
剧集以隐形任务战略部队及反恐特勤队作为剧集主题，讲述一众反恐精英与不法份子掀起连场激斗的故事。
