Muv-Luv ATE全名为《Muv-Luv Alternative Total eclipse 》，全集动画片改编自《Muv-Luv Alternative》的外传小说。故事的时间设定在西元2001年，由于人类遭到地球外起源种(联合国称其为BETA)的侵略，正面临灭亡的危机，因此人类开始了先进战术机技术开发计划“XFJ计划”，各个国家均派遣了专门人员参与其中，该作讲述的就是这些被派遣过来的人员之间的故事。（有虫子吃掉妹纸情节,反差极大,请谨慎观看.）
在Zi行星有一群被称为机兽的金属生物体，有些拥有惊人战斗力，但它们必需得到由特别发电机产生的红色凝胶才可运作。该行星在古代曾经存在超高科技文明，却发生了一场被称为“众神之怒”的大灾难，当时有一部份人类...
19岁的多田万里（古川慎 配音）只身赴东京读大学，入学当日遇到同样是法学系新生的柳泽光央（石川界人 配音），二人随即成为朋友。此时，一个光芒万丈、引人瞩目的漂亮大小姐出现在二人回校路上，她手持一束玫瑰，突然殴打柳泽。原来她叫加贺香子（崛江由衣 配音），是柳泽的青梅竹马， 她为人强势，有自己一套完美的“人生剧本“，而剧本的男主角，就是她狂热喜欢着的柳泽。柳泽视她为洪水猛兽，唯恐避之不及，然而还是逃不过她的追随。面对这么一位耀眼的大小姐，看起来平平凡凡的万里，又会与之碰撞出怎么样的青春故事？新大学，新朋友，新住所，对于万里来说，大学生活显得如此新鲜，值得期待。未来的一切，闪着金色的光芒。
本作讲述从小就被诅咒「只要碰触到东西就全都会死亡」的贵族少爷，以及唯一愿意陪伴且不时性骚扰他的女仆爱丽丝，两人虽两情相悦却不能触碰彼此的恋爱故事。
