Muv-Luv ATE全名为《Muv-Luv Alternative Total eclipse 》，全集动画片改编自《Muv-Luv Alternative》的外传小说。故事的时间设定在西元2001年，由于人类遭到地球外起源种(联合国称其为BETA)的侵略，正面临灭亡的危机，因此人类开始了先进战术机技术开发计划“XFJ计划”，各个国家均派遣了专门人员参与其中，该作讲述的就是这些被派遣过来的人员之间的故事。（有虫子吃掉妹纸情节,反差极大,请谨慎观看.）
一名因兴趣开始当英雄的男子埼玉。经过三年苦练，他获得了无敌的力量，能一拳击败任何敌人。偶然收下弟子杰诺斯后，两人一同加入职业英雄组织英雄协会，每日展开活动。 某日，自称怪人协会的怪人突然出现，掳走了协会干部的子女作为人质。英雄协会召集S级英雄，策划潜入怪人协会基地的救援行动。 而在英雄与怪人激战正酣时，被掳至怪人基地的人类怪人饿狼，缓缓睁开了双眼！
薄暮时分，江户城下，百物成妖，千妖成群。长崎屋少爷从小体弱多病，某日溜出门走夜路回家，不意撞上杀人凶手，卷入凶案，少爷当如何躲过劫难，妖怪们能否助少爷一臂之力，揭开案件真相……
喜欢枪枝的不良少年．一之濑四季在某天突然变成了「桃太郎机关」驱除追杀的目标，这是因为他其实继承了鬼的血统！而将其扶养长大、没有血缘关系的养父原来以前曾经是桃太郎机关的成员之一！在知晓这些惊人真相的同时，四季的养父也遭到桃太郎机关的成员．桃屋重创，但这样的惨剧竟然导致四季过度愤怒而爆发出潜藏的力量…！
可爱又强大的前台小姐为了自己平稳的生活，打败所有boss，永不加班！因为是科室工作所以很安全！因为是公职所以很安定！在做上了理想工作「工会前台小姐」的阿莉娜前方的是与理想相去甚远的每天加班的生活。都是迷宫攻略毫无进展的错！忍耐到极限的阿莉娜偷偷拿着一级冒险者许可证和闪耀的银光的战锤，独自去讨伐boss——没错，有所隐藏的她的真实身份正是在迷宫攻略陷入僵局时出现，并只身打倒boss的，在民间流传的不明真身的武艺高强的冒险者“处刑人”！但这是绝对的秘密。因为前台小姐是禁止有副业的。但是，在讨伐boss时被正好在场的公会最强盾役看到了真面目。
22 岁的软件开发者萨姆·杨自幼便是狂热的游戏爱好者。学生时代全身心投入游戏开发，终于推出了酝酿已久的冒险解谜游戏《Luminate》！然而，当超人气游戏主播马歇尔·劳给出恶评后，她作为游戏开发者的前途骤然黯淡。更意外的是——马歇尔竟搬到了她隔壁！随着与马歇尔的相遇，萨姆与公司上司查尔斯·琼斯、发小兼常去咖啡馆的员工林肯·哈德森等人的关系也逐渐发生变化。在父母过度保护下长大、恋爱经验为零的萨姆，面对与男性突如其来的亲密接触不知所措，却也开始慢慢打破心防。这场以人生为赌注的终极挑战——萨姆能否成功通关！？
